Sicher schadet es nicht, alles studienrelevante mit BlueJ zu machen. Wenn du in der Realität schon voll in Java drin bist, dürfte das ja auch kein wirkliches Problem sein hier alles zu verstehen.
Während der Studientage und ggfs. auch während sonstiger Übungen im Zusammenhang mit dem Modul wird aber u.U. der sichere Umgang mit BlueJ erwartet.
Jetzt habe ich Eclipse länger nicht mehr gesehen, aber da gibt es doch sicher auch Plug-Ins für die Code-Completion, und für Code-Schnibbelchen. Wenn man sich da erst mal dran gewöhnt hat, verliert man u.U. ein wenig das Gefühl und die Sicherheit für die korrekte Syntax, was in einer Klausur oder bei einer Übung wertvolle Zeit kosten kann.